Theo quy định tại Mục IX Thông tư số 141/2007/TT-BTC như sau:
“IV- Trình tự, thủ tục miễn, giảm tiền thuê đất, thuê mặt nước (dưới đây gọi chung là tiền thuê đất) đối với các trường hợp quy định tại Điều 14, Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP thực hiện như sau:
1- Hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất:
Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân; người Việt Nam định cư ở nước ngoài, tổ chức, cá nhân nước ngoài được nhà nước cho thuê đất (dưới đây gọi chung là người thuê đất), trong năm đầu được miễn, giảm tiền thuê đất cung cấp cho cơ quan Thuế "hồ sơ miễn, giảm tiền thuê đất" sau đây:
1.1- Đơn đề nghị miễn/giảm tiền thuê đất, ghi rõ: diện tích đất thuê (trong đó: diện tích trong hạn mức, vượt hạn mức - đối với trường hợp được miễn, giảm quy định tại điểm 3 Mục II, điểm 3 Mục III Phần C Thông tư số 120/2005/TT-BTC nay được sửa đổi tại điểm 4 Mục VII, điểm 3 Mục VIII Thông tư này); thời hạn thuê đất; lý do miễn/giảm và thời hạn miễn/giảm tiền thuê đất.
Riêng trường hợp thuộc đối tượng được miễn tiền thuê đất theo quy định tại khoản 6 Điều 14 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP:
a) Đối với dự án gặp khó khăn phải tạm ngừng xây dựng:
- Chậm nhất sau bảy (07) ngày kể từ ngày tạm ngừng xây dựng, người thuê đất phải gửi cho cơ quan thuế: Đơn đề nghị miễn tiền thuê đất trong thời gian tạm ngừng XDCB, trong đó nêu rõ lý do và thời gian phải tạm ngừng xây dựng, có xác nhận của cơ quan cấp giấy phép đầu tư hoặc cấp đăng ký kinh doanh;
- Phụ lục hợp đồng xây dựng hoặc Biên bản (về việc tạm ngừng xây dựng) được lập giữa Bên giao thầu và Bên nhận thầu, trong đó xác định việc tạm dừng thực hiện hợp đồng xây dựng do: Lỗi của Bên giao thầu và Bên nhận thầu; do 2 bên thỏa thuận hay thuộc trường hợp bất khả kháng quy định tại khoản 6.1 Mục II Phần II Thông tư số 02/2005/TT-BXD ngày 25/2/2005 của Bộ Xây dựng hướng dẫn hợp đồng xây dựng trong hoạt động xây dựng.
b) Đối với dự án gặp khó khăn phải tạm ngừng hoạt động: người thuê đất phải gửi cho cơ quan thuế chậm nhất sau bảy (07) ngày kể từ ngày tạm ngừng hoạt động: Đơn đề nghị miễn tiền thuê đất trong thời gian tạm ngừng hoạt động có xác nhận của cơ quan cấp giấy phép đầu tư hoặc cấp đăng ký kinh doanh;
1.2- Dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
1.3- Quyết định cho thuê đất của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật về đất đai; Hợp đồng thuê đất (và Hợp đồng hoặc văn bản nhận giao khoán đất giữa doanh nghiệp, hợp tác xã sản xuất nông nghiệp với hộ nông trường viên, xã viên - đối với trường hợp được miễn, giảm quy định tại điểm 3 Mục II, điểm 3 Mục III Phần C Thông tư số 120/2005/TT-BTC nay được sửa đổi tại điểm 4 Mục VII, điểm 3 Mục VIII Thông tư này).
1.4- Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (áp dụng đối với trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 3, 4, 5, 6 Điều 14 và khoản 1, 2, 3 Điều 15 của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.5- Giấy chứng nhận đầu tư do cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp trong trường hợp dự án đầu tư phải được cơ quan nhà nước quản lý đầu tư ghi vào Giấy chứng nhận đầu tư hoặc dự án thuộc diện không phải đăng ký đầu tư nhưng nhà đầu tư có yêu cầu xác nhận ưu đãi đầu tư theo quy định tại Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư (áp dụng đối với trường hợp quy định tại khoản 1, khoản 4 Điều 14 tại Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.6- Đối với trường hợp được miễn theo quy định tại khoản 3 Điều 14 của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP, việc nộp hồ sơ chia làm 2 giai đoạn :
a) Trong thời gian đang tiến hành xây dựng cơ bản, tính từ thời điểm phải tính tiền thuê đất theo quy định tại khoản 2 Điều 7 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP:
- Giấy phép xây dựng do cơ quan có thẩm quyền cấp;
- Hợp đồng xây dựng;
- Biên bản bàn giao đất trên thực địa;
b) Sau khi công trình hoặc hạng mục công trình được hoàn thành, bàn giao đưa vào khai thác/sử dụng:
Biên bản nghiệm thu, bàn giao công trình/hạng mục công trình hoàn thành, đưa vào khai thác/sử dụng được lập giữa chủ đầu tư xây dựng công trình và nhà thầu thi công xây dựng công trình.
1.7- Hiệp định, hoặc thoả thuận, hoặc cam kết của Chính phủ Việt Nam với tổ chức quốc tế về việc miễn, giảm tiền thuê đất; hoặc Giấy xác nhận của Bộ Ngoại giao Việt Nam hoặc cơ quan ngoại vụ địa phương được Bộ Ngoại giao ủy quyền (áp dụng đối với quy định tại khoản 7 Điều 14 và khoản 4 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.8- Biên bản xác định mức độ thiệt hại theo thủ tục quy định tại Thông tư số 89/TC-TCT ngày 09/11/1993 hướng dẫn thực hiện Nghị định số 74/CP về thuế sử dụng đất nông nghiệp hoặc Biên bản xác định tình trạng, mức độ thiệt hại do bị thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất khả kháng do Ủy ban nhân xã, phường, thị trấn hoặc cơ quan quản lý nhà nước có liên quan xác nhận (áp dụng đối với trường hợp quy định tại khoản 2 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.9- Biên bản xác định tình trạng, mức độ thiệt hại (do bị thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất khả kháng) do Ủy ban nhân xã, phường, thị trấn hoặc cơ quản lý nhà nước có liên quan xác nhận (áp dụng đối với trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.10- Quyết định của Thủ tướng Chính phủ (áp dụng đối với trường hợp quy định tại khoản 8 Điều 14 và khoản 5 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP).
1.11- Tờ khai tiền thuê đất theo mẫu số 01-05/TTĐ “Tờ khai tiền thuê đất” ban hành kèm theo Thông tư liên tịch số 30/2005/TTLT/BTC-BTNMT ngày 18/4/2005 của Liên Bộ Tài chính - Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn việc luân chuyển hồ sơ của người sử dụng đất thực hiện nghĩa vụ tài chính (sau đây gọi tắt là Thông tư số 30/2005/TTLT/BTC-BTNMT).
Người thuê đất thuộc trường hợp miễn, giảm tiền thuê đất quy định tại Điều, khoản nào thì cung cấp loại giấy tờ tương ứng theo quy định trên đây. Các giấy tờ nêu tại tiết 1.1, 1.8, 1.9, và 1.11 của điểm này là bản chính; các giấy tờ nêu tại tiết 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 1.7, và 1.10 của điểm này là bản sao có xác nhận của công chứng nhà nước hoặc chủ cơ sở kinh doanh (người thuê đất) ký tên, ghi rõ họ tên và đóng dấu xác nhận sao y bản chính.
2- Nộp hồ sơ đề nghị miễn, giảm tiền thuê đất:
Người thuê đất nộp hồ sơ đề nghị miễn/ giảm tiền thuê đất đồng thời với việc kê khai, nộp tiền thuê đất năm đầu tiên tại Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất hoặc cơ quan Tài nguyên và Môi trường. Trường hợp việc đề nghị miễn/giảm tiền thuê đất không đồng thời với việc kê khai, nộp tiền thuê đất thì “Hồ sơ miễn/giảm tiền thuê đất” được nộp tại cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu.
3- Thông báo và quyết định miễn, giảm tiền thuê đất:
3.1- Đối với trường hợp quy định tại khoản 1, 2, 4, 5, 6, 7, 8 Điều 14 và khoản 1, 2 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP, điểm 3 Mục II và điểm 3 Mục III Phần C Thông tư số 120/2005/TT-BTC (nay được sửa đổi tại điểm 4 Mục VII, điểm 3 Mục VIII Thông tư này), căn cứ vào "hồ sơ miễn/giảm tiền thuê đất", cơ quan Thuế kiểm tra và ra quyết định miễn/giảm theo thẩm quyền quy định tại Điều 16 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP.
Quyết định miễn hoặc giảm tiền thuê đất phải ghi rõ: lý do được miễn/giảm, thời gian thuê đất, thời gian được miễn/giảm tiền thuê đất và số tiền thuê đất được miễn/giảm theo đơn giá thuê đất do Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định tại thời điểm ra quyết định miễn/giảm tiền thuê đất.
3.2- Đối với trường hợp miễn tiền thuê đất quy định tại khoản 3 Điều 14 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP:
a) Trong năm đầu của thời hạn được miễn tiền thuê đất, căn cứ vào "hồ sơ miễn giảm tiền thuê đất", cơ quan Thuế kiểm tra và ra thông báo tạm miễn tiền thuê đất theo mẫu ban hành kèm theo Thông tư này (Mẫu số 01-07/TMTTĐ). Thông báo tạm miễn tiền thuê đất phải ghi rõ: lý do miễn, thời hạn tạm miễn tiền thuê đất (phù hợp với thời gian xây dựng công trình ghi trong Hợp đồng xây dựng và tiến độ xây dựng).
Trường hợp trong quá trình xây dựng, dự án gặp khó khăn phải tạm ngừng xây dựng thì người thuê đất phải có đơn đề nghị (và hồ sơ) như quy định tại tiết 1.1(a) điểm 1 Mục này. Căn cứ hồ sơ, cơ quan Thuế ra thông báo kéo dài thời gian được tạm miễn tiền thuê đất trong thời gian tạm ngừng xây dựng.
b) Sau khi công trình hoặc hạng mục công trình được hoàn thành, bàn giao đưa vào khai thác/sử dụng, người thuê đất bổ sung hồ sơ quy định tại tiết 1.6 (b) điểm 1 Mục này; Căn cứ hồ sơ, cơ quan Thuế quyết toán số thực miễn theo thực tế và ra quyết định miễn, giảm tiền thuê đất theo thẩm quyền quy định tại Điều 16 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP.
Quyết định miễn tiền thuê đất phải ghi rõ: lý do miễn, thời hạn miễn và số tiền thuê đất được miễn theo số đã quyết toán nêu trên.
3.3- Đối với trường hợp giảm tiền thuê đất quy định tại khoản 3 Điều 15 Nghị định số 142/2005/NĐ-CP:
Căn cứ “Biên bản xác định tình trạng, mức độ thiệt hại” quy định tại tiết 1.9 điểm 1 Mục này và các giấy tờ khác theo quy định, cơ quan thuế ra thông báo tạm giảm 50% tiền thuê đất trong thời gian tạm ngừng sản xuất kinh doanh (SXKD).
Chậm nhất sau 07 ngày làm việc kể từ ngày tiếp tục hoạt động SXKD, người thuê đất phải gửi thông báo bằng văn bản cho cơ quan thuế, trong đó ghi rõ thời gian tạm ngừng hoạt động, ngày bắt đầu và ngày kết thúc thời hạn tạm ngừng hoạt động và chịu trách nhiệm trước pháp luật về nội dung đã thông báo.
Căn cứ thông báo này, tùy tình hình cụ thể, cơ quan thuế có thể kiểm tra thực tế tại cơ sở SXKD, ra quyết định giảm tiền thuê đất theo thẩm quyền quy định.
3.4- Thời hạn giải quyết miễn/giảm tiền thuê đất: Cơ quan thuế ra Thông báo tạm miễn tiền thuê đất trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ theo quy định tại Thông tư này.
Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ theo quy định tại Thông tư này, cơ quan thuế ra quyết định miễn/giảm tiền thuê đất hoặc thông báo cho người thuê đất biết lý do không thuộc diện được miễn/giảm.
Quyết định miễn/giảm tiền thuê đất thực hiện theo mẫu (Mẫu số 04-07/QĐTTĐ) ban hành kèm theo Thông tư này.
4- Luân chuyển hồ sơ và gửi thông báo/quyết định miễn/giảm tiền thuê đất:
4.1- Trường hợp người thuê đất nộp hồ sơ miễn/giảm tiền thuê đất tại cơ quan Tài nguyên và Môi trường thì thực hiện luân chuyển hồ sơ và gửi thông báo/quyết định miễn, giảm tiền thuê đất theo quy định tại Thông tư số 30/2005/TTLT/BTC-BTNMT.
4.2- Trường hợp người thuê đất nộp hồ sơ miễn/giảm tiền thuê đất tại cơ quan Thuế thì cơ quan Thuế có trách nhiệm gửi thông báo/quyết định miễn, giảm tiền thuê đất đến người thuê đất.
Người thuê đất khi nhận thông báo/quyết định miễn/giảm tiền thuê đất phải ghi rõ ngày, tháng, ký và ghi rõ họ tên vào sổ công văn của cơ quan giao thông báo/quyết định.”