Theo quy định tại Điều 9, Thông tư 124/2009/TT-BTC ngày 17/6/2009 quy định về miễn, giảm thuế Tài nguyên như sau:
Trình tự, thủ tục kê khai miễn, giảm thuế tài nguyên, thẩm quyền miễn, giảm thuế tài nguyên theo quy định tại Điều 9, Điều 10 Nghị định số 05/2009/NĐ-CP được thực hiện theo hướng dẫn tại Mục II, Phần E Thông tư số 60/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính; Ngoài ra đối với một số trường hợp cụ thể khác được thực hiện như sau:
1. Tổ chức, cá nhân hoạt động khai thác thuỷ sản ở vùng biển xa bờ bằng phương tiện có công suất lớn được miễn thuế tài nguyên trong 5 năm đầu kể từ khi được cấp giấy phép khai thác và giảm 50% thuế tài nguyên trong 5 năm tiếp theo.
Phương tiện có công suất lớn là các loại tàu, thuyền khai thác thuỷ sản lắp máy chính có công suất từ 90 mã lực (CV) trở lên.
Thủ tục miễn thuế: Căn cứ giấy phép hoạt động khai thác thuỷ sản ở vùng biển xa bờ, tổ chức, cá nhân khai thác tự xác định điều kiện được miễn, giảm thuế tài nguyên và thông báo với cơ quan thuế trực tiếp quản lý biết về thời gian được miễn, giảm thuế tài nguyên.
Đối với cơ sở kinh doanh khai thác hải sản xa bờ thuộc diện nộp thuế theo kê khai, khi kết thúc kỳ tính thuế tài nguyên, tự xác định số thuế tài nguyên thực tế được miễn, giảm trong kỳ để kê khai thuế và tự chịu trách nhiệm về số thuế tài nguyên miễn, giảm đã kê khai. Trường hợp cơ sở kinh doanh xác định điều kiện miễn, giảm thuế không đúng thực tế để kê khai tăng số thuế tài nguyên miễn, giảm thì ngoài việc bị truy thu số thuế gian lận, còn bị xử lý theo quy định hiện hành.
Trong thời gian hoạt động, nếu tổ chức, cá nhân khai thác thuỷ sản ở vùng biển xa bờ có sự thay đổi về các điều kiện miễn, giảm làm giảm mức ưu đãi thuế thì phải kịp thời khai báo cho cơ quan thuế gần nhất biết và xác nhận. Trường hợp không khai báo để tiếp tục được hưởng miễn, giảm thuế đều bị coi là trốn lậu thuế và bị xử lý theo quy định.
Sau thời gian miễn và giảm thuế tài nguyên nêu trên (10 năm), nếu tổ chức, cá nhân khai thác thuỷ sản ở vùng biển xa bờ thuộc diện nộp thuế theo kê khai có kết quả của các hoạt động kinh doanh trong năm phát sinh lỗ thì được giảm thuế tài nguyên tương ứng với số lỗ của hoạt động khai thác hải sản xa bờ, nhưng không vượt quá số thuế tài nguyên phải nộp của hoạt động khai thác hải sản; thời gian giảm thuế không quá 5 năm liên tục tiếp theo năm hết thời hạn miễn, giảm thuế tài nguyên nêu trên. Hồ sơ kê khai giảm thuế kèm theo hồ sơ khai quyết toán thuế bao gồm:
- Bản khai doanh thu, chi phí, lỗ của hoạt động khai thác hải sản xa bờ.
- Bản tính số thuế tài nguyên được giảm.
2. Miễn thuế tài nguyên đối với tổ chức, cá nhân, hộ gia đình hoạt động đánh bắt hải sản, sản xuất muối chưa qua chế biến cho năm 2009 và cho đến hết năm 2010 theo quy định tại khoản 2, Mục II Nghị quyết số 47/2005/QH11 ngày 01 tháng 11 năm 2005 của Quốc hội.
- Thủ tục miễn thuế đối với cá nhân, hộ gia đình: Khi lập sổ bộ thuế năm 2009, năm 2010, cơ quan thuế không tính thuế tài nguyên đối với cá nhân, hộ gia đình đánh bắt hải sản, sản xuất muối chưa qua chế biến. Đối với cá nhân, hộ gia đình đã lập sổ bộ thuế của năm 2009 thì báo cáo cơ quan thuế điều chỉnh lại trước ngày 30/6/2009.
- Thủ tục miễn thuế đối với tổ chức đánh bắt hải sản, sản xuất muối chưa qua chế biến: Hàng năm, tổ chức tự xác định việc được miễn thuế tài nguyên đối với hoạt động đánh bắt hải sản, sản xuất muối cùng với việc khai các loại thuế khác với cơ quan thuế theo quy định.
3. Miễn thuế tài nguyên đối với nước thiên nhiên dùng vào sản xuất thuỷ điện không đủ điều kiện hoà vào mạng lưới điện quốc gia theo quy định của Luật Điện lực.
Thủ tục miễn thuế tài nguyên: Căn cứ đơn đề nghị của tổ chức, cá nhân khai thác (có ý kiến của Sở công thương tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về việc không hoà mạng lưới điện quốc gia), Cục trưởng Cục Thuế trực tiếp quản lý quyết định miễn thuế tài nguyên cho trường hợp này.
4. Tổ chức, cá nhân khai thác đất sử dụng được miễn thuế tài nguyên theo quy định tại khoản 5, Điều 9 Nghị định số 05/2009/NĐ-CP. Việc miễn thuế tài nguyên đối với đất khai thác dùng để san lấp, xây dựng công trình bao gồm cả cát, đá, sỏi có lẫn trong đất khai thác không xác định được cụ thể từng chất và được sử dụng ở dạng thô để san lấp, xây dựng công trình.
Tổ chức, cá nhân khai thác phải có văn bản đề nghị miễn thuế, kèm theo các hồ liên quan để được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt về việc xây dựng công trình tại địa phương và gửi bộ hồ sơ cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý nơi khai thác để biết và theo dõi việc miễn thuế.