Hoàn thuế GTGT là việc nhà nước trả lại số thuế GTGT mà đối tượng nộp thuế đã nộp cho Ngân sách nhà nước trong một số trường hợp nhất định. Cụ thể hơn hoàn thuế GTGT là việc Ngân sách nhà nước trả lại cho cơ sở kinh doanh hoặc tổ chức, cá nhân mua hàng hóa, dịch vụ số tiền thuế đầu vào đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh còn chưa được khấu trừ trong kỳ tính thuế hoặc hàng hóa, dịch vụ trong trường hợp tiêu dùng của tổ chức, cá nhân đó không thuộc diện chịu thuế.
Các trường hợp hoàn thuế GTGT:
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT nếu trong ba tháng liên tục trở lên có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết và có số thuế còn lại từ hai trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
2. Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ hai trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng.
3. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
4. Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế GTGT của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế GTGT theo điều ước quốc tế mà Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.